Новый метод для выявления мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ
Учёные из Японии разработали новый метод на основе секвенирования нанопор, который позволяет более эффективно отслеживать мутации лекарственной устойчивости ВИЧ-1. Результаты их работы опубликованы в журнале Nature.
Генотипические тесты на устойчивость к препаратам для лечения ВИЧ в настоящее время проводятся с помощью секвенирования сегментов генов (по Сэнгеру), кодирующих различные белки-мишени для лекарств. Поскольку число мишеней увеличилось с появлением нового класса антиретровирусных препаратов, необходимы новые методы тестирования.
Специалисты из Центра клинических исследований в Японии создали простую систему для оценки нуклеотидных последовательностей по всему геному ВИЧ. В основе - нанопоровое секвенирование вирусных пангеномов, амплифицированных с помощью ПЦР.
Контрольные тесты с использованием молекулярных клонов ВИЧ продемонстрировали точность до 99,9%.
Кроме этого, проверочные испытания на 106 клинических образцах показали более высокие результаты, чем при использовании секвенирования по Сэнгеру: соответствие генотипов лекарственной устойчивости 92,5%.
Комментарии
По мнению экспертов, результаты данного исследования позволяют предположить, что новый подход «станет мощным решением» для комплексного исследования мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ.
Устойчивость ВИЧ к лекарственным средствам вызвана изменениями в генетической структуре вируса. Эта проблема, согласно недавнему докладу ВОЗ, касается всех антиретровирусных препаратов, в том числе новых. К примеру, более 10% пациентов, начинающих лечение ВИЧ, уже имеют устойчивость к невирапину и эфавирензу. А 50% младенцев, рождённых от матерей с ВИЧ, имеют устойчивость к одному или нескольким препаратам группы ННИОТ. Кроме этого, ВОЗ сообщила о росте устойчивости к долутегравиру, одному из самых распространённых современных препаратов.
