Компьютерное моделирование может точно спрогнозировать распространение ВИЧ

Исследование, опубликованное в журнале Nature Microbiology, показывает, что модели, созданные благодаря актуальным данным ДНК, полученным из глобальной публичной базы данных по ВИЧ, имеют серьезный потенциал для эпидемиологов и структур, занимающихся планированием кампаний профилактики.

«Мы рассмотрели отдельные генетические шаблоны ВИЧ и приняли их за модели. Учитывая, что они имеют под собой реальные данные, мы можем подтвердить, что выбранные «шаблоны» могут быть распространены на всю эпидемию», - рассказал автор работы Томас Лейтнер из Национальной лаборатории в Лос-Аламосе, США.

По его словам, ВИЧ интересен тем, что быстро и постоянно мутирует. Изменение «генетических ключей» исходного кода обеспечивает путь, который может быть использован при объяснении происхождения и времени распространения инфекции, считает Лейтнер.

Способность к быстрой мутации – полезное свойство вируса для эпидемиологического отслеживания, но также одна из характеристик, которая делает таким сложным поиск вакцины от ВИЧ.

В ходе исследования специалисты использовали метод филогенетического анализа, сопоставив развитие связей в генетическом коде вируса с оценкой того, как ВИЧ передается.

Команда ученых обнаружила, что определенное «древо» шаблонов соотносилось с данными ДНК из 955 пар людей, у которых были известны передающий и получающий вирус. Проанализированные сведения были основаны на эпидемиологической информации из партнерских исследований, данных о вертикальной передаче и т.д.

Оценивая результаты работы, авторы заключают, что необходимо заняться разработкой вычислительных инструментов для общественного здравоохранения, чтобы помочь государственным структурам отследить распространение ВИЧ-инфекции и выделить ресурсы для целенаправленных кампаний по профилактике.