Мультиомический анализ клеток с ВИЧ-1 поможет усовершенствовать подходы к лечению

Исследовательская группа из Института медицинских наук Токийского университета (IMSUT), используя клетки, инфицированные ВИЧ-1, провела мультомический анализ лабораторных образцов гематопоэтических стволовых клеток в гуманизированной модели мыши.

«Наши результаты описывают множество новых характеристик клеток, продуцирующих ВИЧ-1 in vivo, которые могут дать подсказки для совершенствования терапии ВИЧ-1», - заявил ведущий автор исследования глава Отдела Системной вирусологии, доцент кафедры контроля инфекционных заболеваний IMSUT д-р Кей Сато.

Результаты этого работы были опубликованы в Cell Reports 14 июля.

Для успешного лечения ВИЧ-1 важно получить максимально глубокое понимание характеристик ВИЧ-1-инфицированных клеток in vivo.

Недавно разработанный «омический» анализ может стать мощным инструментом для оценки характеристик ВИЧ-1-инфицированных клеток. Однако следует помнить, что подавляющее большинство CD4+ T-клеток у инфицированных людей не поражено, и, следовательно, транскрипционные профили «объемных» CD4+ T-клеток in vivo не отражают профили «чистого» ВИЧ-1-продуцирующего агента.

Учитывая это, специалисты использовали модель гуманизированной мыши с трансплантированными гематопоэтическими стволовыми клетками человека, которая поддерживает лейкопоэз при относительно стабильных иммунологических условиях in vivo и задействовали четыре недавно разработанных метода для исследования вирусной геномики и транскриптомики.

По данным исследовательской группы, это исследование состояло из четырех анализов:

• Капельной цифровой ПЦР, которая выявила наличие потенциальных резервуаров у инфицированных гуманизированных мышей. 
• ПЦР, опосредованной лигированием, которая показала, что ВИЧ-1 предпочитает интегрироваться в открытые участки хроматина. 
• Цифровое РНК-секвенирование, которое количественно определило абсолютное число копий вирусных транскриптов в клетках, продуцирующих ВИЧ-1 in vivo и дополнительно идентифицировало дифференциально экспрессируемые гены между инфицированными вирусом и незараженными клетками. 
• Секвенирование одноклеточной РНК, которое выявило и охарактеризовало гетерогенность клеток, продуцирующих ВИЧ-1 in vivo.

Подводя итоги анализа, д-р Сато подчеркнул:

«Насколько нам известно, это исследование является первым, которое описало множество аспектов клеток, продуцирующих ВИЧ-1, а также первым комплексным изучением характеристик клеток, инфицированных ВИЧ-1 in vivo».