Российские ученые расшифровали геном ВИЧ на мини-секвенаторе
Ученые Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора впервые в мире расшифровали геном вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) на мини-секвенаторе MinION, чтобы протестировать этот прибор и убедиться, насколько он эффективен для решения важных государственных задач. Об этом информагентству ТАСС сообщил руководитель научной группы разработки новых методов диагностики ВИЧ-инфекции Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора (ЦНИИЭ) Дмитрий Киреев.
Секвенирование — это определение нуклеотидной последовательности ДНК. Ученые-генетики всего мира используют в своей практике секвенатор третьего поколения MinION с 2015 года. Однако официальное использование этого прибора в научных целях в России происходит впервые.
«До сих пор никаких публикаций по секвенированию ВИЧ именно с помощью этого прибора не было. И мы решили заполнить этот пробел. Геном ВИЧ с помощью MinION от начала до конца можно прочесть за один раз, что делает секвенатор исключительно полезным инструментом для изучения вирусного разнообразия у пациентов», — сказал Киреев. В частности, информация, полученная с помощью MinION, может использоваться для определения вирусной устойчивости к лекарственным препаратам.
Также российским ученым предстоит выяснить, насколько точно работает новый прибор, сравнив результаты секвенирования международного стандарта ВИЧ и клинического образца. «От результатов исследования будет зависеть, смогут ли эпидемиологи России пользоваться этим инструментом для решения важных государственных задач, например, для быстрого и точного реагирования на вспышки инфекционных заболеваний», — сказал ученый.
Руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологий NGS ЦНИИЭ Камиль Хафизов сообщил, что секвенатор третьего поколения имеет ряд преимуществ перед своими предшественниками. Одна из особенностей нового секвенатора в том, что он компактный, помещается в ладони, похож на флешку, и стоит значительно дешевле секвенаторов второго поколения: немногим более 100 тысяч рублей против 15 миллионов рублей.
«Подготовка к секвенированию занимает один-два часа, само секвенирование длится шесть часов, и в результате вы получаете данные прямо на экране компьютера. Причем можно делать это дома, в лаборатории, в поле с ноутбуком», — сказал Хафизов. Кроме того, стоимость одного запуска секвенатора третьего поколения обойдется в несколько тысяч рублей, что в десятки раз дешевле, чем секвенирование на приборах второго поколения.
По словам Хафизова, если эксперимент пройдет успешно, ЦНИИЭ возьмет MinION на вооружение и будет использовать для работы в полевых условиях. «Нам часто приходится выезжать на расследования различных вспышек заболеваний. Раньше было так: специалисты приезжают на место, собирают материал, привозят в лабораторию и тут уже секвенируют: долго, дорого, нудно. А этот аппарат позволяет провести диагностику прямо на месте, что сильно ускоряет и удешевляет процедуру», — пояснил Хафизов.
По его словам, MinION — это прорыв в области секвенирования и шаг к персонифицированной медицине. «Генная диагностика становится доступной бытовому пользователю в домашних условиях. Уже скоро каждому человеку при рождении, а в некоторых случаях даже до рождения можно будет сделать этот анализ и узнать его геном», — отметил эксперт.